Naivasha湖目前陷入了可怕的麻烦中，它受到了严重的污染而且已经萎缩了。环保人士说原因很清楚，就是花卉农场。在整个湖周围有60个花卉农场，成熟的花卉大部分主要出口到了欧盟。虽然花卉业是肯尼亚最大的园艺出口商品（去年达4.055亿），但是它会导致严重的环境污染。
环保人士说，花卉农场从湖里抽水用来灌溉，然后又把被农药污染的废水倾倒回湖里。决策者长期以来都忽视了这种情形，而且在最近这种情形达到了最大，导致了湖中数以千记的鱼和淡水生物的死亡。因此，曾经在湖中非常普遍的捕鱼也被禁止了。
政府机构采集了水、鱼和沉积物的样品用于检测。如果结果表明花卉农场对湖水污染的问题应该负责，那么政府将会撤销这些农场的许可证。初步的调查已经表明湖水的问题同花卉农场是有联系的，而且鱼类的死亡是由水中溶解氧含量过低所致。
湖萎缩的原因来自多个方面：农业的过度灌溉、附近Naviasha镇的用水需求以及气候的变化造成的。
Naivasha是肯尼亚一个主要的旅游景点。