拥有17000个热带岛屿的印度尼西亚是世界上生物多样性最丰富的地区之一。但是，根据
雅加达邮报提供的记载，在拥有超过400多个摄政统治区的该国只有20个地区有物种记录，在这些地区仍然有超过一半的生物多样性没有记录。
“印度尼西亚是17个地球上最大的生物多样性热点地区之一，但其中的多数我们都没有记录”，国家环境部生物多样性保护的副助理Utami Andayani在雅加达邮报上说，并且还说，“如果其他国家利用我们的生物多样性用于商业用途，如医药。尽管这样，我们也很难控诉，因为缺乏数据去证明那是印尼的物种”。
好多这样的物种很可能已经消失而从未被人知晓。印尼的森林正面临空前的压力，同样它的物种也将面临空前的磨难。热带木材被疯狂的砍伐，油棕榈种植园被破坏，采矿和燃料，这些行为已经使印尼的环境向人们敲响了警钟。50年前，印尼拥有82%的森林覆盖率，然而到2005年为止，这个数字已经下降到了48%。非法伐木会给一个民族带来巨大的问题，然而在过去甚至连保护区都不放过。
印度尼西亚是有超过3万种植物记录和3000多种哺乳动物﹑鸟类﹑爬行动物和两栖动物的家。其中记录的—515—哺乳动物的数量仅次于巴西。
印尼是世界第三大温室气体排放国（仅次于中国和美国），这主要是由于其热带雨林被砍伐和泥炭地遭到破坏。